自己資本の充実度が違うため、資金調達や為替決済における信用力が違います。
融資先の信用力も違いますから、融資回収の安全率も違います。
支店の数、立地、要員（労務費）もそれぞれですから、運転コストも違います。
預金者の数やひとりあたり預金額も違いますので、管理コストも違います。
預金獲得は、金融機関にとっては仕入れと同じです。本来なら仕入れコストは低いに越したことは無いのですが、預金者は少しでも預金利率の高い方、利便性の高い金融機関を選択しますから、それで預金者が流出してしまったのでは、もっと高いレートで借り入れないと「運用」に必要な「仕入れ」が賄えません。
（銀行は１００万円の預金を受けて１００万円を貸すのではなく、準備預金制度によって支払準備率を超える部分を融資にまわすことで運用していますから、預金額の数倍の貸付が可能になります＝銀行の信用創造機能。）
逆に、運用成績が悪い（つまり、不良債権が多い）と仕入れに対する支払い（預金の払い戻し）の原資を事欠くこともありえます。そうなると、取り付け騒ぎが起こり、元々預金受け入れ額の何倍もの融資をしているのですから銀行の手元資金（現金）はあっという間に不足してしまって、破綻するという最悪のシナリオもあります。
様々な事情があって金融機関の金利設定がなされます。以前は護送船団方式で、銀行間で横並びの発想でしたが、実際にはかなり財務体質は異なるものですから、それが同じである方が不合理です。
お礼
ありがとうございました。教えてもらうと、ますます疑問がでてきますｗｗ その都度投稿していたら、私一色になりそうなのでｗｗＰＣ以外で勉強して 要点の疑問だけをまた投稿したいと思います。そのときはよろしくお願い致します。