例えば、タンパク質の一部を削った変異体を使った実験をして、
それを検出したいというときに、N末端を削った変異体を用いているのにN末端をエピトープとして作った抗体を使うのはまずいですよね。
そんなときは、C末端をエピトープとした抗体を使います。
後、自分がある細胞に導入した一種類のcDNAから、思ったよりも小さな分子量のタンパク質ができているとN末端を認識する抗体で確認されたとします。
その時に、C末端を認識する抗体を用いて確認しても同じ分子量で確認されるのであれば、完璧に証明してわけではないですが、
「分解されて分子量が小さくなっているわけではない」と予想することはありました。
それ以外では、特に使い分けをすることはないと思います。
少なくとも私はしたことがありません。
検出できる抗体を探していて、たまたまC末端を認識する抗体ではダメで、N末端のほうは使えたということはあります、その逆もあります。
結局、使えることが重要ですので。
＞ペプチドの合成系を見たいのであればC末端のものを使用すればいいのでしょうか？
経験上、作りかけのタンパク質が検出されることはないと思います。
例えば、100アミノ酸残基のタンパク質の作製途中の50残基のタンパク質や20残基のタンパク質を検出することはほとんどないです。
お礼
otx様 非常に明瞭なご指導をいただきましたて感謝申し上げます。 私も今までまったく気にせず使用していたのですが（正確には気に留めることなく。。。）、今回、機能的なことを考える上で悩み、質問させていただきました。 大変よく理解できました。ありがとうございました。 また何かありましたらご指導いただけましたら幸いです。