便乗?質問にお答えしますと。
民法の規律対象は私人間の行為と明定されているわけではありません(内容的には私人間でしょ的なものが定められているわけですけれども)。特に「法律行為」の章などは、基本的に法の一般原則を述べているところですから、公序良俗の原則を地方議会に適用することに何の問題もないと考えます。ドンピシャリの例ではありませんが、ある集落の世帯全体を構成員とする入会集団について、加入を男性に限った規約・慣習が公序良俗に反するとされた判例があります。
なお、憲法の生存権を引かれた方がありましたが、まぁ「息をするな」はそもそもが公の秩序に反する内容ですから憲法にも違反することは間違いがないでしょうが、一般には具体的な権利を保障したものではないとされる憲法25条の規定をもとに違憲無効、というのは、ちょっとニワトリを割くのに牛刀を用いる感があります。
また、地方自治法の規定にあるように、法令に反する条例制定は「無効」なのであって、法律的にははじめからないのと同じ、つまり成立することはありません。どんなに手続き上適法であっても、内容が違法であれば、条例として成立はしません。もちろん無効と確定されるのは実際上は裁判によりますが、私人でも明らかに違法無効な条例に従う必要はないという意味での効果もあります。