再び、お答させて頂きます。下記が参考になれば幸いです。
事業所の仕事から、期間的に離れていたので、再度、自分なりにネットで調べてみました。
その結果、人工呼吸器の回路洗浄・消毒はサービス提供できないと思います。→御質問のとおりの言葉を使えば、違法ということになると思います。（最初の回答には、重度訪問介護なら・・・と、記載しましたが・・・）ということで、記録に残さないような指示がでてるのでは？
また、人工呼吸器等の搬送も行っていらっしゃるようですが、事業所が通院等乗降介助もしくは通院介助を行える体制であって、その利用者さんを通院等で搬送している車両の中に、利用者と一緒に人工呼吸器等の搬送もおこなうのであれば、問題はないと思いますが・・・。
これは、あくまでも私の考えですが、国の社会保障費全体の予算縮小を受けて、福祉における予算も、年々かなり縮小されており、介護保険、障害福祉サービスもかなり、行いにくい（色々な制約を受けてのサービス＋少ない報酬単価）のが現状ではないでしょうか？
このような現状は、事業所にもきつい縛りとなりますが、実際は利用者にすべてのしわ寄せがいくと思います。つまり、(1)市町村は県ににらまれているので、利用者本位の役所としての運営ができない。(2)事業所も行政監査が恐いので、法令や行政通知分等に縛られて「右えならえ」してしまう。(3)結局、利用者は受けたいサービスが受けれない。という構図があてはまるのでは？と思います。ですから、厳密には違法サービスであっても、利用者本位を考慮するならば、記録に残さないケースはいろんな事業所さんで行っているでしょう。逆に完全に行政の意向を汲んだサービスのみを提供する事業所は、より良い障害者福祉を提供できるのでしょうか？まあ、これはあくまで、私の持論ですが・・・。下記にURLを記載しました。かなり長文な行政資料です。参考になれば・・・。※前後してスイマセン。ショートステイ先までの搬送は良いのではないでしょうか？
補足
ご回答いただきましてありがとうございます。 補足なのですが， ＞現在の事業所では記録に残さないよう指示を受けているため， ＞違法ではないかと思ってます。 という部分の指示を責任者に受けているため，関係法令等が 分ればと思い質問させていただきました。 この他にも，この人工呼吸器をショートステイ先まで運搬 するという作業もしています。