こんばんは。内部統制のコンサルティングを手がけている者です。金融商取法に基づく内部統制（いわゆるJ-SOX）のことだと理解して書きます。
＞大手以外の企業さんはどうしているのでしょうか？
東証二部クラスの企業でも実質は今からという企業も多いようです。共通的な印象としては、なるべく金をかけない方法でやりたいという感じですね。
＞誰も知識がなく、全体像や実作業が見えないでいます。
今後のことを考えてもnlnlnlさんの会社のように自分達で頑張るのが本来ですし、中小の会社では確かに全ての作業をコンサルタントに一任するのはお金がかかりすぎると思います。従って現実解として、全ての一任するのではなく、進め方等のアドバイザーとしてコンサルタントを利用することを考えている会社も多いように思います。
＞お勧めの方法や本などもありましたら是非教えてください。
先に本についてですが、現在書店に山積みされている本の多くは「大企業向け」だと思ってください（米国SOX法の経験に基づいて書いている。米国SOX法の適用対象は、現状は大企業のみ。中小の企業にも適合する「方法論」は未確立）。その中で、J-SOXベースで中堅の監査法人が書いている本が比較的適合しているものがあるかもしれません。
次に進め方について、ここでは多くを書けませんが、まず「実施基準」をよく読むようにしてください。特に中小の会社規模を念頭に置いた記述箇所をきちんと理解しておくこと。そして自社の監査人とよく意見交換していくこと。その上で、有価証券報告書記載上「重要な欠陥」となりうるような箇所について、有価証券報告書を起点にして決算・財務報告に係る業務プロセスから逆に手繰って整理していくこと。全社的な理解と協力を得る努力を惜しまないこと。
参考になれば幸いです。
お礼
kouyoujyu様 幅広い返答ありがとうございます。 当社に適した本を購入し、手を動かそうと思います。 > 全社的な理解と協力を得る努力を惜しまないこと。 わかりました。重要な事項から視点をぶらさずにやっていきます。 ありがとうございました。