★「Troj/Puper」
幾つもの亜種があるようです。詳細は下記サイトを参照してください。
http://www.sophos.com/search/search-results/?search=Troj%2FPuper&x=58&y=20
Troj/Puper-D（Sophos）の例
http://www.sophos.com/virusinfo/analyses/trojpuperd.html
「Advanced」タブを開いて詳細を参照してください。
作成される主なファイル
C:\WINDOWS\system32\shnlog.exe
C:\WINDOWS\system32\hhk.dll
C:\WINDOWS\system32\intmon.exe
C:\WINDOWS\system32\hpXXXX.tmp
「XXXX」の部分には2または4文字のランダムな文字が入ります。
★Startup登録
下記レジストリに「C:\WINDOWS\system32\shnlog.exe」が登録されWindowsの起動と同時に起動されます。
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\explorer\run
paint.exe = shnlog.exe
★「Watcher」登場
また、別途「C:\WINDOWS\system32\intmon.exe」が、おそらくExplorerからハンドルを使って起動されメモリーに常駐します。
「intmon.exe」は、常時「shnlog.exe」の状態を監視して、「shnlog.exe」が終了したり、削除されたりすると、「shnlog.exe」を再起動させたり、再インストールさせたりします。
★「Puper.dll」とは？
「windows/system32/hp929B.tmp was infected by the Puper.dll trojan」
どうやらマカフィーさんが、例えば、「windows/system32/hp929B.tmp」というファイルを見つけて「Puper.dll trojan」に汚染されているので削除したと騒いでいるだけで「Puper.dll」というファイル自体は存在しないようです。
また「hp????.tmp」は「shnlog.exe」を復活させるためのテンポラリーファイルでしょう。「intmon.exe」が「shnlog.exe」の状態を監視していますから、削除されるたびに同様のファイルが作成され、「intmon.exe」を削除しない限り永遠にこの状態が続くと思います。
☆修復
No.2 mama_aneさんご紹介の「SmitfraudFix」で駆除できると思います。
いくつかの亜種についても調べてみましたが、殆どのパターンに対応しているようです。
唯一、「hp????.tmp」には対応しているが「hp??.tmp」には対応していないようですが、テンポラリーファイルをすべて除去すれば片付くので大した問題ではないと思います。
「C:\WINDOWS\system32\dcomcfg.exe」も駆除ルーチンの中に含まれているので自動的に駆除されます。
☆ダウンロード（v2.42）
http://siri.urz.free.fr/Fix/SmitfraudFix_En.php
解凍するといくつかのファイルが作成されます。
「Process.exe」について、一部のウィルス対策ソフトから警告が出ますが、問題ありませんので、削除、隔離等はしないでください。
１．「SmitfraudFix.cmd」をダブルクリック
コマンドプロンプトが開かれ、注意書きに続いて「Press a key to continue...」と表示されるので、例えば、リターンキーを押してください。
２．メニューの「2. Clean (safe mode recommended)」を実行
「Enter your choice (1,2,3,L,Q) :」の次に「２」を半角で入力します。
３．あとは自動的に、スキャン、有害なファイルの削除、レジストリの修復が実行されます。
４．途中「process -k explorer.exe」というコマンドが実行され、エキスプローラの画面や、デスクトップアイコン、ツールバー等が消えてしまいますが、異常ではありません。
５．作業が終了するとメモ帳が起動され「C:\rapport.txt」というファイルに作業結果が表示されます。
６．削除に成功した場合は「ファイル名 Deleted」、失敗した場合は「Problem ファイル名」と表示されます。
７．自動的に再起動の画面になると思うんですが、もし、ファイル操作や、キーボード操作を受け付けない場合は、電源キーの長押しで強制終了して再起動してください。
とにかく、巨大なバッチファイルで、Desktop Hijack系で駆除の難しい多くのマルウエアに対応しています。
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お礼
結局、どの対応が効を奏したのか定かではないのですが、SmitfraudFixを実行（ただしセーフモードではない）したり、X-Cleanerなどを導入し何度かがちゃがちゃやっているうちに元に戻り、ブラウザの設定、Puper.dllへの感染の警告などすべてなくなりました。安心はできませんがひとまずほっとしています。ありがとうございました。