本山とは、その宗派の「大本締めとなる」のお寺のことです。
「本山納骨」を目指されたのなら、納骨は「本山」で納骨しなければなりません。
檀家をしている家の近くのお寺（末寺と言います）が仮に同じ浄土宗のお寺でも、そこに納骨しても「本山納骨」にはなりません。いわんや、他宗のお寺ではダメです。
我が家は「浄土真宗大谷派」なので、「本山納骨」は、京都の「東本願寺」で行います。東本願寺の隣に同じ浄土真宗のお寺があります（興正寺）が、そこに納骨しても、我が家にとっての「本山納骨」にはなりません。
新潟県の浄土真宗の場合、近くの末寺を通じて、三条別院というとりまとめ役のお寺に御布施をそえて「分骨納骨」を申し込むと、東本願寺から希望日（受付可能時刻は決まっている）を尋ねる問い合わせが来ますので、答えて、その日時に受付書と少量の骨（火葬の際に係員が分けておいてくれる）を持って行くことになります。
すると、御影堂の（御影の？）裏手に、小さな引き出し式の納骨箱があって、そこに入れてくれます（入れるところは見られない＝信じるしかない）。
他宗も、骨全てを持ってこられても困るのではないでしょうか。具体的なやりかたは、お経などを頼んでいるお寺と相談なさってください。
なお、浄土宗の総本山は京都の「知恩院」のようです。
