量子化学計算_対称な分子構造を作るには
量子化学計算用の入力ファイルを、左右対称な形でつくる方法を教えて下さい。
ガウシアン DFT B3LYP/6-31G(d) を用いて、量子化学計算をしたいと思っています。有機分子の構造最適化を行い、HOMO、LUMOエネルギーレベル、分子軌道分布を調べることが目的です。分子量1000程度の、C, H, O, S, B, Fを含む分子を扱っています。
自分の所属する研究室では、chem3Dを使って粗く最適化した入力ファイルの作製をしています。
chemdrawで構造を作って、chem3Dに移します。まずMM2で最適化、さらにMOPACで最適化します。
扱っている分子の構造式は左右対称な形なのですが、chem3Dで最適化して出来上がった入力ファイルの立体構造が左右不対称になっています。
そこで質問です。
1.非対称ということは最適化がうまくできていないと考えていいでしょうか？
2.計算条件で、対称になるように条件を制限することはできるのでしょうか？できるならその方法（chem3Dなどのソフトの操作方法）を教えて頂けないでしょうか？
3.実際にどのような形をしているかは計算では分からないものなのでしょうか？入力ファイルの構造をもとに、少しだけねじったり伸ばしたりして、エネルギーが最小化される点を探索しているイメージでしょうか？
なお、分子のX線構造解析のデータは持っていません。試料はあるのですが単結晶が得られていないので。
量子化学のことを殆ど知らないものですが、ご回答よろしくお願いします。
お礼
おお、やはりありましたね。 長さも１４センチと小ぶりで筆箱に入りやすく安価です。 数直線の代わりに使うとすると、もうすこし長い版も あると良いかなと思いました。 ありがとうございました。