真相は学校内部のトップの方々とその関係者しかわかりませんが、最近の傾向としては医学部志望者が不況の影響もあってか相当数増えていることもあり、子供を医大に入れたい人々はいままで以上にいろんな意味で必死になっています。
ですので自治医科大学(ある意味国立みたいなものなので基準にしてみました)の偏差値未満の偏差値の大学ではなにかをやっていないという証拠がないかぎりなにかをやっている可能性を消すことはできないと考えて間違いないのではないのでしょうか?
実際のところ表向きの学費が6年で5000万もする帝京ですら偏差値的にみると一番低い大学ではないわけですし…それに大学としては一学年の全てが国公立合格できるぐらいの優秀な生徒でなくても、ある程度の数、毎年優秀な生徒を確保できればその他の生徒は国家試験に一発で受かる見込みがあるレベルの生徒で問題ないわけですし、そのレベルの生徒が寄付金を500万だ1000万だと払って入学してくるのであれば、そちらを優先させて入学させるようなことは十分ありえる話だと思います。
また医学部歯学部は二次試験という究極の点数調整枠があるので仮に1次試験を400点満点として2次試験を面接小論文で400点満点とするならば、Aさんが一次の段階で240点とって500番だとしても800点満点の中では600点で80番に…なんていう調整をすることも可能でしょう。
結論としては私立医学部が不正入試を行える条件は今の入試制度では完全にそろっているので、実際のところ不正の有無は学校のトップの方々次第ということになるのではないでしょうか。