売却の仕方次第で「実質的に」税金が掛かりません。税制の時限措置（特例）で平成１３年～平成１７年末までに保有期間が一年超の上場株式等を売却した場合、譲渡益１００万円までは税金の特別控除が受けられます。
一年超保有上場株式等の１００万円特別控除の適用条件は以下の通りです。
１）保有期間が一年超の上場株式等の売却であること。
２）証券会社を通じて、または証券会社に対して譲渡すること。
３）申告分離課税を選択して売却すること。（源泉分離課税ではダメ）
４）譲渡益の計算・譲渡株式等明細書を添付した申告書を提出すること（確定申告をする）
平成９年のＪＲ東海の株価は３８万円～３９万９千円、平成１４年１０月２５日現在（終値）の株価は７５万９千円ですから売却益は１００万円以下になり、特別控除を受ければ実質的に税金が掛かりません。（ただし他の取引があって売却益が１００万円を超えてしまうと１００万円超の部分に２６％の税金が掛かります。）
「実質的に」税金が掛からないと言ったのは、売却時に税金がいったん引かれ、それを確定申告をして引かれた税金を取り戻すという形になるからです。
確定申告の時に証明書がいるので、売却後送られてくる取引明細書は必ず保存しておいてください。そうしないと確定申告しても売却益の証明等できないので税金の控除ができません。
詳しく知りたい場合は、取引をしている証券会社の担当の方に聞いてみると良いでしょう。
お礼
とても分かりやすく説明有難うございました。