マザーボードのジャンパーピン、またはディップスイッチの事でしょうか?ジャンパーレス、スイッチレスでBIOSでセットアップできる物も有りますけど?スイッチをBIOSで制御するにしてもジャンパーで電気的に制御するのも一緒ですが、CPU、メモリー周りのクロック等の周波数を発信器で発生させているわけですから、その周波数を変える時にスイッチで切り替えているとだけ思いますけど。スイッチがなければCPUの外部バスに合わせて設定できるように自動的に切り替える様になるだけなのでオーバークロック等が出来なくなりますし、FSBの設定を自分で変更することも簡単に出来なくなります。メーカー製のパソコン等では自動設定になっていてCPU周りの設定が全く出来ない物もあります。またCPU以外の設定もマザーボード上のジャンパーで設定する場合もあります。BIOSのパスワードを忘れたときにクリアするとかBIOS情報をCMOSからクリアするときに使用するジャンパーも有ります(メーカー製PCですと頃しかない物も有ります)。Socket7の頃はCPUの倍率が固定されていなかったためCPUの倍率もスイッチで切り替えていました。回路設計として拡張性のために必要だとおもいます。
的を得ているでしょうか?質問の趣旨がハッキリ見えないので私なりに取った意味でお答えしました。