#2です。
まず、大阪の地下鉄には入場券制度がありませんので、入場券が必要との回答は適切ではありませんでした。撤回させてください。
が、大阪市乗車料金先払いカード取扱規程および大阪市交通局IC証票取扱規程を見ますと、同一駅入出場の際、「乗客は1区相当料金を現金で支払ったうえ、発駅情報の消去処理を受けなければならない」とあります。これは（JRのような）入場料金の概念そのものであり、もし、磁気やICカードを導入する際、既に存在していた定期乗車券が「通り抜け自由」でよいなら、上記の規程は「発駅情報の消去処理を受けなければならない」の記述だけでよいはずです。「通り抜け」という乗車外目的の利用に対する答えとして、運賃後引のカード乗車券と定期乗車券とでJRと規定が同じかどうか（入場料金の概念を適用するかどうか）のスタンスが異なるはずはなく、従って「JRと同様」との回答をしました（大阪地下鉄ではPiTaPaに定期券機能を付けることはできないが、定期券と同程度以上の「利用額割引」によりPiTaPaが定期券の発展形と位置づけられており、取扱いを分けることも困難）。また「現金で支払う」とあるので、原券を入場料金相当額の支払いに充てることはできません（既に定期代を払っているから、という理由でこれを入場料金相当額に充当することはできない）。
それから、大阪地下鉄に限らない一般的なケースとして、同一駅入出場で改札機の扉が閉まるのは事実です（改札機の機能・設定により異なります）。入場料金の支払を求められたことがあるのも事実です。駅ナカに大型商業施設がある場合、「入場券をお求め下さい！」の張り紙が出たのも事実です。それに、改札機で同一駅入出場を認めると、不正乗車が簡単にできてしまいます。例えば「東京～有楽町（A）」と「湯河原～熱海（B)」の2枚の定期券を買っておいて、東京では毎日Aで乗降し、熱海では毎日Bで乗降する。そうすると、東京～熱海間を毎日不正に安く乗れてしまいます。定期券の裏面にわざわざ注意書きがあったり、改札機の扉が閉まったりするのはこのためです。また、定期券の没収や反則金にまで触れたのは、こうした疑いをかけられる可能性を否定できないからです。
その上で。いま日本のほとんどの駅で窓口に申出があった際、同一駅入出場がほぼ100％駅員の黙認状態であることもまた事実です。誤乗の場合は元々規則上のサポートがありますが、お手洗、急病、忘れ物に気付いた等の場合も、そこで引き止めては気の毒というものでしょう。しかし、送迎、通り抜け、駅ナカで買い物した等の場合、気の毒な理由とはいえませんから、100％大丈夫ですよと回答できる自信が、私にはありません。特に今回は「“通り抜け”ができますか」というご質問でしたので、あくまで「質問者様のことを第一に考え」、質問者様には無用なトラブルを避けてほしい、という思いからの回答でした。
