>参考になるようなHPなどがありましたら
そこで自分で調べるんですが…
→知ってたら教えてあげています。
取り合えず、今のバイクをキャブ側2本、エキパイ(マフラー)側2本を外してヘッド4本ボルトを外して、ピストンというものを拝んでください。(デジカメという便利なものがあるので、逐一写真を撮りながら、時刻でトルク感もノートにメモッテおきましょう。工具が足らなければ買いに走りましょう)そうすれば、どんな工具が足りないかは把握できます。(サークリップはラジオペンチで代用が効きます。)ピストンからピストンピンまでばらすとあとは組み立てです。説明書はなくてもプラモデルより明らかに簡単です。免許を取りにいくような面倒さの比ではありません。無事組み立てられたら、あとはどうやって50ccを安く入手するかだけです。先の方が書いておられるように、2種にしたい人のほうが多いので、物々交換もいいかもしれません。車体全体を交換するのも(それができるなら、ここに質問なんかしてないですよね)
サービスマニュアルはチャッピーでなくてもヤマハの50ならかなりのところで一緒です。ただ同然のど汚いマニュアルでもないとあるでは大違いですので、入手しておいたほうがいいですよ。サービスマニュアルに書いてあれば、その情報は改めて書く人はいませんよ。馬鹿にされるのが落ちですから(かくいう私も200cc以下のバイクのマニュアルはなしで、適当にばらしていますが、時々理解できないような組み合わせに遭遇しますので、いつも欲しいなとは思っています)
いずれにせよ、これだけの写真と書類を役所に見せれば、白ナンバーぐらいくれると思いますが。
補足
エンジン組み替えるのなら 新しく安いバイク買った方がいいんですね・・・ 参考にします!! ありがとうございます!!