スケートは詳しくないですが、一般的にはやはり「体格差」が原因という見方になるのかな、と思います。
各スポーツ毎に、競技特性にマッチした体格というものがあるでしょうし、一概に結論付けることは出来ませんけれども、基本的にはほとんどの競技が「体格のいい（身長が高く、骨格が太い）」選手ほどいい成績を残しやすいものです。
そのため小柄な選手は主に瞬発力や動作のクイックネス、あるいは器用さというか精度の高い技術、また軽量ゆえの持久性（長時間の運動に対する耐久力）等々を武器にして、大型選手と戦うことになります。
スピードスケートも、短距離なら動作の速さ（足の回転速度）や瞬発力で飛び出し、正確なコーナリング技術でそのスピードを維持できれば、パワーはあるけれども俊敏さに劣る大型選手を封じ込める事は可能でしょう。
しかし距離が長くなるにつれて、一瞬のキレ味の鋭さだけではいかんともしがたい、本質的なパワーの差が出てくるということではないでしょうか。
スピード長距離の世界的な強豪は、どの選手も見上げるような大男ばかり、骨格も図太くて、とにかくガタイが日本人とは違いますよね。
短い勝負ならともかく、長距離で平均的な体格の日本人があのゴツイ連中に勝つには、尋常でない努力をしてそれでもどうか…という感じではないかと思います。
日本人でも体格やパワーで世界レベルに見劣らない人はいますが、冬スポーツの人気が低い日本では必ずしもそういう有望な人材がスピードスケート界に来るわけではないですので（大柄な体格と運動神経に恵まれた人は、どの競技でも欲しいですから）、いつの日かそういう有力な大型選手が出るまで、気長に強化を続けるしかないのではないでしょうか。
補足
ありがとうございます。 でも、santana-3さんの回答では、日本のスピードスケートや陸上のレベルが低いことの説明にはなっても、スピードスケート短距離やマラソンが世界トップレベルにあることの説明にはなっていませんよね。