気にしないでそのまま使用しても、短期的には問題は起こらないでしょうが、潜在的な問題を抱えることになります。
それは、ブローバイガスにオイルが多めに混じることにつながるからです。
シビックは未確認ですが、最近のインジェクターには、穴が10個あるものもありますよね?
この穴が大量のブローバイ混入オイルによっていくつか汚れて詰まってしまった場合(全部の穴が詰まったわけではないので、少量の噴射をする)に、希薄すぎる空燃比となって不調になってしまう場合があるからです。(すべての車輌が不調になるとは限らない)
ただ、定められた基準がある以上、なにごとも、「過ぎたるは及ばざるがごとし」 です。基準に添うのが基本です。
作業をしたディーラーには、強く抗議をしましょう。
ユーザーであるあなたがオイルを抜く必要はありません。
なお、多すぎるオイルを抜くのは、あなたがするのではなく、いいかげんな作業をしたディーラーにさせましょう、 「将来エンジン不調が発生したときには、責任とってくれますよね?」 と言いながらクレームをつけると効果的かもしれませんね。ただ、今後も付き合い続けるつもりでしたら、多少柔らかめにいう方がいいかもしれませんが・・・。
何のために車輌メーカーが定めたオイル容量のレベルゲージかを考えると、わからないことはないでしょうが、プロのする仕事ではないですね。