その「あるSA」の前後を含む高速道路を通行するルート(目的地)を設定すると高速道路の本線上からそのサービスエリアの敷地内に立ち寄るルートが設定さるということでしょうか。
※適当な目的地を設定してルート確認画面や一旦案内開始をするなどしてから、地図画面をそのサービスエリアの地点までスクロールしてから案内ルートを確認してみてください。また、ナビのメーカーや品番の記載がなくお使いになられているナビが分かりませんが、ナビによっては特定の学習ポイントだけを選択して消去できる場合がありますので詳しくは取扱説明書などでご確認ください。
>あるSAにだけ、勝手に案内します
上記が、ナビによって設定された案内ルート(走行ルート)がサービスエリア内を通過するルートになるという事でしたら、試しにナビの設定画面でルート学習の初期化(≒学習内容の消去)を行ってから、もう一度目的地設定をして症状が改善しないかご確認ください。
ちなみに、当方が使用しているアルパインのNVE-HD55Sでは、ルート案内によって初めて通行する高速道路において(元の案内ルートではサービスエリアには立ち寄らないルートが設定されるのですが)その初回走行時にルート案内の途中でサービスエリアに立ち寄った場合、次回以降の案内ルートがそのサービスエリアに立ち寄るルートになってしまうという質問者様とよく似た症状になります。
※NVE-HD55Sのナビエンジンはいわゆる「アイシンAW系」になりますので、同じアイシンAW系のトヨタ純正ナビの一部などの場合でも同様の症状になる可能性は考えられます。