平成24年１月から12月の状況を反映させて、まず、平成24年分の所得税が計算されます。
障害者手帳の交付を受けた結果は最初にこちらのほうに反映されて、所得税での障害者控除を受けます。
この所得税の結果は、次いで、平成24年分の住民税（市民税）の計算にも使われます。
もちろん、住民税での障害者控除にも反映されます。
ただ、平成24年分の住民税の徴収が始まるのは、平成25年になってからです（平成25年６月以降）。
なぜなら、平成24年分の所得税が確定しなければ、住民税も決まらないからです。
所得税の年末調整（給与所得者）が終わるのが平成25年１月末日、確定申告（給与所得者以外）が終わるのが平成25年３月15日です。
これらがすべて終わるのを待ち、それから約２か月かけて所得税を確定させてから住民税も決まるので、結局、このようなしくみになっています。
まるまる１年ずれる、といったイメージでいて下さい。
いずれにしても、住民税のほうにもきちんと反映されます。
言い替えると、今年すでに納めている住民税のほうには反映されません（あとづけもできません）。
なぜなら、この住民税は平成23年分の事実（収入、障害者などの事実）に対してのものですから。
お礼
解答ありがとうございます、来年役立てます。