Java警告-セキュリティ

質問

先月末ウィルス感染しました。名前不詳
その時はカスペルスキーが駆除（削除？）してくれたので一度フルスキャンして安全を確認したのですが先日念のためにFsecureの無償ヘルスチェックを試しました。
http://www.f-secure.com/ja/web/home_jp/protection/free-online-tools/free-online-tools
すると以下のような警告が出てチェックができません。
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信頼できるソースによって発行者を検証できません。コードは署名のないものとして処理されます。

F-Secure Health Check
java.io.FileNotFoundException: C:\Documents and Settings\<ユーザー名>\ApplicationData\Sun\Java\Deployment\security\trusted.certs(アクセスが拒否されました）
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JAVAのバージョンは最新でした
一応再インストールはしてみましたが変わりはありません。
他にJAVAを使うアプリがあるのですがそちらは起動すると「予期せぬエラー」と出ますが動作に問題はないようです。
警告内容をもとにいろいろ調べてみましたがエキスパート向けの資料ばかりでさっぱりわかりません。
Adobe関連、Windowsセキュリティ等定番の更新は最新を確認しています。
どなたかわかる方アドバイスをお願いします。

回答No.1

HAL007

JAVAで使用している証明書関連のファイルなのか？
詳しくはわかりませんが、Fsecureがファイル開こうしたがアクセス拒否されチェック出来ない状態の警告です。

無料のソフトは限界があります。
数年前、日本でも人気の高かったウィルス対策ソフトを入れていて
ウィルス感染したPCをネットワークに繋いだら、あっと言う間に他のPCに感染しました。
勿論、定義ファイルも最新してありました。
それでも、販売されているソフトを急遽買って駆除してみたら、そんなに新しいウィルスではなかった。

その後は有料のソフトを使ってましたが、毎年使用料を払うのもかったるいので
今はMSからものを使用してます。
フルスキャンをしてもこの種の警告は出ませんし、オンラインの監視でも、ちゃんとウィルスを見つけて駆除してます。

参考URL：

http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows/products/security-essentials

補足

ありがとうございます。
ちょっと説明不足でしたがリンク先のヘルスチェックはWebアプリと呼ばれるものでDLしてインストールするものではありません。
その後調べてみたところ感染したウィルスはドライブバイダウンロードと呼ばれる方法でWeb感染するマルウェアらしくAdobe AIRの更新が一つ古かったのが原因のようです。
その状態ではどんなウィルス対策ソフトを入れていても感染するそうで統合型セキュリティだからこの程度で済んだという話でした（カスペ）
しかしJavaのことは依然として未解決です、引き続き回答を待ちたいと思います。