他の方のURLも参照した上での回答です。
最近は病原体としてウィルスや狂牛病で有名なプリオンなども含まれる状況になってきました。
それゆえに新たな概念が加わっています。
「不活化」というもので、死んだ、あるいは分解して無くなったという状況ではないのですが、二度と活動できない状態に変えたというものです。
この概念は滅菌だけでなく消毒、殺菌などでも用いられます。
医療器具や行為という事ですので少しそちらを紹介します。
体の内部に接触する機材に行われるのは原則として滅菌です。あらゆる微生物が生存してはいけません。皮膚の内側には本来は細菌やウィルスなどはいないですから。
手術器具、注射針、シリンジ、注射薬剤、手術で使われるガーゼ、脱脂綿などもそうです。
消化管内や女性の膣に挿入する器具ですが、常在菌がいるので一見意味なさそうに思われますが、本来いない菌が侵入すれば病気となりえますので、滅菌を行います。
滅菌方法としては、EOG(エチレンオキサイドガス)、乾熱、オートクレーブなどが医療現場で、機材を作るメーカーでは他にガンマ線などが使われます。。
他に、使用後の医療機材は患者の菌が付いてるわけですから、滅菌を行います。
オートクレーブや焼却が用いられる事が多いようです。
最近はこれがおざなりにされて問題を起こしてる例も多々ありますね。
皮膚などに行う場合、例えば注射や手術・切開などで切る前の消毒ですが、滅菌に使うような強力な物を使うと人体の細胞にまで効果が及んでしまいますので、この場合は、ある程度、病原体を取り除く、つまり殺菌、消毒といわれる手法で済ませます。
喉や粘膜の消毒などもそうです。
こういう場合には抗生物質など特定のグループの菌にしか効かない薬剤も使われます。
殺菌、消毒というのは、人体に与える被害を最小限に抑える事が前提ですが、例外として、公衆衛生面で、例えば伝染病を食い止める為に住居や環境に殺菌や消毒を行う場合などは、焼却や、できるだけ菌を殺す化学薬品が使われます。
歴史的には、煮沸法や石炭酸(フェノール)が当初は手術機材などに行う操作として長い間使われてきましたが、滅菌という概念の確立とともに、これでは不十分という事がわかり、現在は消毒法として格下げ?になってます。