良いのかと問われたら返答に困りますが・・・
1 法律上、年2回の実施が定められている職種の場合
a 天災事変により実施が困難若しくは不可能な状態の最中であれば、実施できない正当な理由が存在しますので、行政は特に処罰はしないと考えます。
b 健康診断が実施可能な状態となった後に、無理の無いところで早めに今回実施できなかった健康診断を実施して下さい。その後に実施する健康診断は通常の実施予定月に行なうのが良いと考えます。
2 法律上は年1回でいいところを福利厚生の一環として年2回実施している場合
a 直近の健康診断から1年以内に健康診断を行なえば法律違反ではございません。
社内事情により「年2回の実施」が要求されているのであれば、上記1-bに書きましたように今回だけ実施月をズラせば良いと考えます。
b どちらにしても、後々の事を考えて、労働組合や労働者に対して事情説明文章を交付するのが良いと考えます。