リンクの方法がどうなっているのか(また具体的なファイル名など)分からないのですが、ハイパーリンクでファイルにリンクしてるのでしょうか。VBAでハイパーリンクのフォルダを月ごとに変更すると言うのもできますし、セルをダブルクリックしたら該当フォルダの該当ファイルを開くと言うこともできますから、未請求も完了したものも元々月別に保管しておいてフラグで管理すれば、1つのフォルダに請求書ファイルがどんどん溜まっていくこともありませんよ。
たとえば、単純に考えますが、フォルダが201105とかで個々の請求書が名前請求書.xlsだとし、名前がB列、クリックしている請求書という列がG列とした場合(下の例ではダブルクリックになりますが)
利用しているシートのマクロに
(ALT+F11で開いた左のところで利用しているシート名をダブルクリック、右に出た白い画面に以下のコードを貼り付けます)
Private Sub Worksheet_BeforeDoubleClick(ByVal Target As Range, Cancel As Boolean)
If Target.Column = 7 Then
Workbooks.Open "D:\" & Format(Date, "YYYYMM") & "\" & Range("B" & Target.Row) & "請求書.xls"
End If
End Sub
とすれば毎月フォルダを作成していけば請求書のセルのリンクも変更することなく運用していけます。
補足
返事が遅れました。やはりエクセル側でフラグで管理していくのが簡単なようですね。 書いていただいたマクロは何かに役立ちそうなので自分なりにアレンジしてみます。 ヒントになる回答をありがとうございました。