必要でしょうね。子供を大人と同じ刑務所に入れるわけにはいきませんから。
少年院は更正施設ですが、入所した子供がすべて更正するわけがありませんし、もしそうだとすればもはやそれは更正施設ではなく洗脳施設でしょう。また、みんなが更正するのであれば、他の質問者様の言うような「根っから悪」は存在しないことになります。
そもそもの話をするなら、更正させようとすればみんな更正すると考えるのが間違いであって、更正する人間もいればそうでない人間もいるというだけのことです。そして出所した子供がいままで暮らしていた場所に戻る以上、当然ながらそれまでの人間関係に囲まれるわけで、少年院を出た子供をみんなが温かく迎えるならいいですけど、誰もつきあってくれずに結局は元の不良仲間しか相手にしてくれないとか、家庭がぐちゃぐちゃのままでどうにもならないとかになれば、それは再犯の可能性が高まるだろうと思います。
まともな人や良い人もいれば、どうにもならないクズもいる。それが社会というものです。そして「どうにもならないクズ」を更正させることはできませんし、社会から排除すればそれはすなわち法律を作れば国民を自由に排除できる社会になり、これはもはや民主主義国家ではありません。実際、独裁国家はそうですよね。
この世から犯罪をなくすことは出来ません。そういうリスクも含めて社会は成り立っています。