＞マフラーの４本部分
エンジンから出ているエキゾーストマニホールドの部分ということでよろしいでしょうか。この部分は非常に高温になりますので（たぶん800℃ぐらい）、普通の耐熱塗装では変質してしまいます（耐熱ブラックはせいぜい500℃ぐらいと見といた方がいいです）。なのでメーカーは塗装しないままのものが多いんです。その為どうしても錆びやすいです。
ご質問の件ですが、
＞というかところどころに変な盛り上がりがある
現物を見ていないので断定はできませんが、その状態の場合、内部まで錆びている可能性が高いです。慎重に研磨しないとポッコリと穴があいってしまうかもしれません。もとより腐食している部分を研磨するのは、エキマニの耐久性が落ちて結局穴が空きやすくなるので、あまりおススメはできません。XJRのマフラーの材質はわかりませんが、もし、スチールだとしたら錆びは宿命ですね。穴があかない為の「補修」は可能ですが、見た目に同じようにするには寿命がきたら交換するしかありません。
別の観点での解決策として予算が許すならば、エキマニがステンレス等の社外マフラーにすることです。防錆性も耐熱性もスチールより上です。もっと優れているものが「チタン」です。私のバイクのエキマニはチタンですが、10年前のバイクにも関わらず錆び一つありません。
