こんにちは。
アドバイスにならないかも知れませんが、、、、（ごめんなさい）
私の住んでいるところにいとこ同士で結婚した人がいます。
結婚した後３人の女の子に恵まれました。（現在子供は皆６０～７０代）
その内の２人とは何かコミュニケーションが取りにく、特に１人は「知能に問題が？？？」と思ったので、地元である夫に話をしてみたら、両親がいとこ同士で結婚していた事がわかりました。
３人共結婚しましたが、子供を授かる事ができたのは１人だけです。（血が濃い事が関係するのかは不明です。不妊に悩む夫婦はたくさんいるからです）
貴方もご存知の天皇ご一家（血が濃い代表）
大正天皇は気ち○いだったのってけっこう有名ですよね。
障害のある子供が産まれたら・・・・・・・と悩んでいるなら、結婚前にきちんとその問題について彼女と話し合ったほうが良いと思います。
今現在、普通の（血縁関係に問題のないという意味で）夫婦でも障害のある子供を出産している人はいるのです。
不妊治療のストレスで離婚する夫婦もいるくらいです。
結婚前から悩んでいるくらいなら、もし何か問題があった時にそれに立ち向かえないと思うのです。
「やっぱりいとこ同士なのが原因か？・・・・」とネガティブに思ってしまいますよね。
夫婦生活を前に進めていくことが困難になりそうです。
なので、彼女ときちんと話し合ってください。
覚悟が出来るなら、彼女との結婚を実現させてください、ご両親を説得してください。（お互いのご両親はどう思っているのかは分かりかねますが。。。）
具体的な回答ではなく申し訳なく思ってます。
お礼
回答有難うございます！そうですね自分たちの一生の事だから、真剣に考えてみます。(^_^;)