私の両親もいとこ同士です。(祖母同士が姉妹です。）
私自身4人姉妹ですが 特に奇形と思われる事は起こっていません。 ただ一般より 少々体が弱い様な気がします。
うちの場合、 自分達はいとこ同士でお付き合いするのは 当然許されないと暗黙の了解でした。
現在妊娠中なのであれば もう応援するしかないと思います。ただ、奇形が１００％でないという保証がないのは 普通に産むのも同じだと思います。
確率でいうと もちろん 一般より高くなるとは思いますが。
補足ですが 米国やその他（多分ほとんどの先進国）では いとこ同士（first cousin)の結婚は違法です。
これは留学中に社会学で学び、衝撃を受けた事でした。 国外で見れば 違法な事を両親は成し遂げ、自分自身、その間に生まれているわけですから。
それから、奇形といっても その中に(大人になってからの）突然死や低知能、免疫力の低さ、後々に発生する何らかの病気の発症等の確率も含まれ、血が濃いと総体的に 一般よりは その発生確率が高くなるという事も読んだ事があります。 確かに 私自身 免疫力が弱いのか よく風邪を引いたり 体調不良でよく学校を欠席していた気がします。
ただし 例えば ０．０００１％が ０．０００２％になると2倍ですが 数値的に低い事には変わりありません。ですが、今回の場合 いとこ同士の結婚が続いているので 多少心配です。
一番心配なのは 知能と免疫力だと思われます。
本当に心配なのであれば、 まだ堕胎可能な時期ならば お医者さんに相談するのが良いのではないでしょうか。でも１００％奇形だという可能性がない限り お医者様も回答するのが難しいとは思いますが。
それから、私が聞いたところによると、祖父同士が兄弟のいとこの場合は そういった奇形等の可能性がより高いと聞きましたが これは情報源が定かではありません。
ところで、入籍の時に問題はなかったのでしょうか。
日本では叔父や叔母との婚姻が認められていないでしょうから いとこより 近い親族（この場合続いているので）の場合 待ったが入らないのでしょうか。
元気な赤ちゃんが生まれてくる事を心からお祈りします。
