「障害」とは何かの定義が全然出来ていないようですね。
まず染色体異常等の「生まれてすぐわかる奇形」(該当者の方には申し訳ない表現ですが)を避けることはむずかしいと思われます。
遺伝子を複写する段階である一定の確率でミスコピーが起きるため、運が悪ければ両親とも健常者でも子どもに障害が出る場合があります。
お子様が先天的な知的障害を持って生まれた家の場合、何かのせいにしたくて「アレが悪かった」「コレが悪かった」という原因探しが始まって家族全体が疲弊することがあります。
気持ちは分かりますが、世の中には「原因はわかっていても、原因を防止することができない」ことが存在するということを認めるしかないと思います。
次に鬱病ですが、うつ病の「原因」ですが、脳内のある物質が少ないとうつ病になると言われています。
反対に多すぎると妄想が見えたりするそうです。
この分泌物の量は遺伝します。
しかし、遺伝的要因だけでうつ病になるのではありません。
多くの精神疾患は遺伝的要因+外的ストレスによって発動しますから、お子様が発動しない可能性もあります。
最後に、生まれる前の検査で分かる障害ですが、前者がわかるのではないですか?
貴方の彼女も、うつ病になる前は健常者として生活してきたはずです。
さらに追い討ちをかけますけど、障害の検査をして、障害が発覚したらどうするのですか?
中絶ですか?
不安なのは分かります。
しかしこの質問の隠れた本音として、「うつ病の彼女と結婚したいか、したくないか」「うつ病の彼女と子どもを作りたいのか作りたくないのか」というあなた自身の、彼女に対する愛情の多寡の問題を、遺伝や出産に責任転嫁しているように見えます。