具体的な事例がわからないと何とも言えませんが、木製のボディそのものに穴を開けたりサーキットを埋め込むザグリを広げたりするなら、木工刃物で時間を掛けてコツコツ削るか、専用工具を使うしか方法はないです。
だけど、よっぽど木工に造詣が深い人（楽器より木工に経験豊富なマニア）でもない限り、工具も持ってないだろうし、もし持ってても使いこなせないですよ。
（ちなみに、私は木工も趣味なので、そういう専用工具持ってますが、曲線曲面の多い自分のベースに自分で穴を開ける自信は全くありませんから、やろうともやりたいとも思いません。どうしてもやりたかったら、お金出してプロに依頼します。）
ただ、アクティブサーキットのキットが、オリジナルより調整つまみが多いとかで、そういうツマミの増設をするだけなら、例えばプレシジョンベースならサーキットはピックガード付いてますし、ジャズベなら金属プレートに付いていて、これらのピックガードやプレートは本体から外せますから、ピックガードやプレートに穴を開けてツマミを増設し、また元に戻す…的な事は、本体内にサーキットが収まる大きさなら有り得ますけどね。
実際、そういうやり方で換装できるサイズに納めてあるキットは、製品でも売ってます。
あとは、質問者の方が参照された事例を見てみないと、確かな事は言えないです。
