こんにちは
>高校で吹奏楽をしています。Clを吹いて７年目なのですが、移調楽器についてよく分かりません。
指導までとはいわなくても手ほどきぐらいは出来ないとという立場になってきましたね(^^;
「移調楽器」を音楽之友社のポケット音楽辞典で調べると「実音と異なる調や音域で記譜された楽譜を用いる楽器。管楽器に多い。」とありました。
注意すべきは「実音と異なる音域で記譜された楽譜を用いる楽器」でしょう。実音と異なる調で記譜された楽譜を用いるのは想像できますけどね。実音と異なる音域で記譜された楽器も移調楽器となると記譜より１オクターブ低い音を出すコントラベース（ダブルベース）も移調楽器になりますね。
実音と同じ音域で記譜されたピアノ（実音楽器）で比較するとわかりやすいかな？
>１.ClはＢ♭管ですが、他の楽器は何管なのでしょうか?
質問者さんの並クラ（並み居る普通のクラリネット）は、ピアノの真ん中のド（ト音記号下第１線のド）の下のシｂが下第１線のドと記譜された楽譜を使う移調楽器ですね。
ついでに他のクラはピアノの第２間のラｂがドと記譜された楽譜を使うAs管(Ab)クラ、同様にピアノの第１線のミｂがドになるEs管(Eb)クラ、ピアノの下第１間のレがドになるD管(D)クラ、ピアノの下第１線のドがドになるC管(C)クラ、ピアノの下第２間シｂがドになるB管(Bb)クラ、ピアノの下第２線ラがドになるA管(A)クラ、ピアノの下第３線ファがドになるバセットホルン（という名のクラ）、ピアノの下第４間ミｂがドになるアルトクラリネット(Eb)、ピアノの下第５線シｂがドになるバスクラリネット(Bb)、以下コントラルトクラとコントラバスクラは省略（笑）
他の回答にある通り他の楽器にもクラと同じようにいろんな移調楽器があるので一言ではいえないのです。 新しい楽器学体系（吹奏楽学会編）に載っている吹奏楽で使われた管楽器だけ上げてみます。
ピッコロ：C管,Db管
フルート：C管(C足部管付き/H足部管付き),Eb管,Db管
オーボエ：C管
イングリッシュホルン：F管
ファゴット：C管
エスクラ：Eb管
並クラ(べー管)：Bb管
アルトクラ：Eb管
バスクラ：Bb管
アルトサクソフォン：Eb管
テナーサクソフォン：Bb管
バリトンサクソフォン：Eb管
トランペット：Bb管
コルネット：Bb管
フリューゲルホルン：Bb管
テナートロンボーン：Bb管(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
テナーバストロンボーン：Bb管+F管(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
バストロンボーン：Bb管+F管(+Eb管付もある)(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
ホルン：F管,Bb管またはF管+Bb管
チューバ：Eb管,Bb管(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
ユーフォニアム：Bb管(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
>２.スケールチューニングは、Ｂ♭から始まりますが、その際、Cl以外の楽器は何の音からから吹いているのでしょうか?
ピッコロ：C管シb,Db管ラ
フルート：C管(C足部管付き/H足部管付き)シｂ,Eb管ソ,Db管ラ
オーボエ：C管シb
イングリッシュホルン：F管ファ
ファゴット：C管シb
エスクラ：Eb管ソ
並クラ(べー管)：Bb管ド
アルトクラ：Eb管ソ
バスクラ：Bb管ド
アルトサクソフォン：Eb管ソ
テナーサクソフォン：Bb管ド
バリトンサクソフォン：Eb管ソ
トランペット：Bb管ド
コルネット：Bb管ド
フリューゲルホルン：Bb管ド
テナートロンボーン：Bb管(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)ド
テナーバストロンボーン：Bb管ド+F管ファ(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
バストロンボーン：Bb管ド+F管ファ(+Eb管付もある)(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
ホルン：F管ファ,Bb管ドまたはF管+Bb管
チューバ：Eb管ソ,Bb管ド(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
ユーフォニアム：Bb管ド(楽譜は低音部記号楽譜で実音記譜)
>３.Ｆ管の楽器の楽譜をＢ♭管の楽器の楽器に直したりするのはどうすればいいですか?
ホルンの楽譜前提で．．
ｂが１つの調のF管の楽譜に調号が何も付いていないとき、ｂが２つの調のBb管なので＃を１個付けて（第５線）ドはソに読み替える（４度下げる）。
ｂが１つの調のF管の楽譜に＃調号が１つ付いているとき、ｂが２つの調のBb管なので＃を２個付けて（第５線、第３間）ドはソに読み替える。
ｂが１つの調のF管の楽譜にｂ調号が１つ付いているとき、ｂが２つの調のBb管なので調号は何も付けずドはソに読み替える。
ｂが１つの調のF管の楽譜にｂ調号が２つ付いているとき、ｂが２つの調のBb管なのでｂを１個付けて（第３線）ドはソに読み替える。
以下同様．．
ん～、もっと判りやすい方法があるような(^^;
