1番圧縮上死点・・・と言う言葉はご存知ですか？
通常、タイミングベルトの交換を行う場合、
この位置までクランクを回転させてベルトの取り外し
および組み付けを行います。
これ以外の位置関係でベルトを取り外してしまった場合、No1の方がおっしゃるように合いマークを合わせるためにクランクやカムシャフトを回転させるとピストンとバルブが当たる可能性がでます。
しかし、その点についてはご心配なく。
ピストンを上死点からややはずすことで回避できます。要は無理な力を加えない様に注意することで、
また合いマークを間違いなく合わせると言うことです。全てのマークがちゃんと合ってさえ居れば壊れることはありません。
クランクシャフトを回さなくて良い場合と言うのは多分無いと思います。組み付け後、少なくとも２回転
クランクを回転させてロックが無いか確認してください。
クランクを回すのに特別な工具は恐らく必要ないかと思います。（メガネか、ボックス程度の工具で回るはずです。・・・すみませんトヨタは知りません。。）
シール類の交換については現状で明らかな漏れが無い限りは必要有りません。
テンショナーはベルトの交換時に変えておいたほうが無難でしょう。
ウォーターポンプは微妙ですが、明らかながたつきや、下部の穴からフルードやオイルの滲みが無ければそのまま使用しても問題ないかと思います。
オイルポンプも通常１０万キロ程度で壊れるものでもありません。もちろん保障は出来ませんが・・・。
それと、安全面で一言。バッテリーのマイナス端子は外しておきましょう。それと、サービスマニュアルは出来れば確認しておきましょう。
おおまかにざっとアドバイスさせて頂きました。。
補足
クランクをまわしたりするのに特別な工具が必要ですよね？じゃあ 素人がガレージでやるのは無理でしょうか？それともいままで調子がよい場合、それらをまわしたりする必要がない場合もありうるのですか？またタイミングベルトテンショナーやオイルポンプはどれくらい持つものでしょうか？またシャフト類シール類も今回変える必要があるのでしょうか？あと６万キロくらい持ってくれればほかもがたが来て手放すことになると思うのです。