HDDの故障の原因になるのは、主に熱と衝撃です。
外付けHDDで冷却性を充分に考慮されていないものはおすすめではありません。
設置状況から、放熱が妨げられたり、冷却孔などがほこりでつまることもあります。
冷却性を重視していない外付けHDDケースに、無思慮に高速HDDを入れることも、リスクがあります。
衝撃は利用時に動かさないこと、運搬時には厳重に梱包しましょう。
3.5inchHDDはノートPC用HDDに比べれば、設計自体が衝撃に強くないので
ノートPCと同じ感覚で運搬するべきではないと言えます。
あとは、一時期Windowsユーザーの間ではやったUSB-HDDのファイルシステム破損。
OKWaveにも相当な数の質問が出ています。
USB-IDEの変換チップの信頼性や熱暴走の問題か?
ドライバーの問題か?
安全な取り外しが行われなかったか?
そのどこかに原因があるはずです。が、特定した記事は見たことがありません。
いろんな記事を見ると、どうもPCに不慣れな人が
この問題に会うことが多いようなので
安全な取り外しを厳守すれば、ある程度回避できそうに思います。
また事例をあまり見なくなったので、ハードウェア的な問題が
淘汰という形で解消されてしまった可能性もあります。
うちではUSBフラッシュメモリーやUSB-HDDを取り外す際には
該当デバイスへのアクセス状況と
ハードウェアのマウント状態を確認します。
(Windowsじゃないけどね)