可能です。
ですが、アナログで塗ったりトーンを貼った状態でスキャンすると、
モアレという独特の縞が出易いので、推奨はされません。
（通常のデータ原稿でも出ることがありますが、アナログのスキャンは出る場合が多い）
線画だけ取り込んで、それを元にPC上でペン入れしていくのでしたらもちろん大丈夫ですけどね。
私も小説本で挿絵を知人に描いてもらったときにスキャンしてデータ入稿しましたが、やはりモアレが出てしまうと、校正の際に印刷所の方から言われました。
印刷所によっては、ページごとにデータ原稿とアナログ原稿が混ざっていてもOKなところもありますので、可能であればアナログはアナログのまま入稿するのが無難です。
＞もしできるなら、スキャンした後の作業等も教えてほしいです。
一応できるので、こちらもわかる範囲で回答しておきます。
とはいえ、基本的に文章屋なんで絵描く人の方が詳しいと思いますが（汗）
おそらくスキャンした段階では小さなゴミなども出てしまうと思うので、
画像編集ソフト等があれば、それで除去して下さい。
場合によってはエッジを強調したり、色のコントラストを調整したりしても良いかもしれませんね。
あとは、普通の原稿作成と同じように、画像編集ソフト等で印刷所指定の原稿サイズに合わせて保存すればOKです。
Word等で原稿を作っているのでしたら、画像編集ソフトからコピーしてWord内に貼り付ければOKです。
以上、参考にしてください。
お礼
回答を参考にして色々調べてみました。 本文原稿は線画まで描いて、あとはフォトショップでトーン処理をしようと思います。 自分的にもこっちの方が楽ですし； ご丁寧な回答ありがとうございました！！