まず、お使いのキーボードはjp106タイプで合っていますか? ] 以外のすべてのキーが正常ならその可能性が高いですね。
$ xev
と実行して、 ] キーを1回だけ押してみてください。以下のような出力が得られると思います。
KeyPress event, serial 31, synthetic NO, window 0x2600001,
root 0x5d, subw 0x0, time 286404, (270,-19), root:(693,295),
state 0x0, keycode 51 (keysym 0x5d, bracketright), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (5d) "]"
XmbLookupString gives 1 bytes: (5d) "]"
XFilterEvent returns: False
KeyRelease event, serial 31, synthetic NO, window 0x2600001,
root 0x5d, subw 0x0, time 286508, (270,-19), root:(693,295),
state 0x0, keycode 51 (keysym 0x5d, bracketright), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (5d) "]"
XFilterEvent returns: False
そこで、 bracketright となっているところが backslash と出てしまっていたら、何らかの理由でキーの割り当てが狂ってしまっています。そこがもしちゃんと bracketright となっていて、 XLookupString gives 1 bytes: (5d) "]" のところが XLookupString gives 1 bytes: (5c) "\" (←円マークで表示されているかもしれませんがバックスラッシュのことです)となってしまっているなら、自分には直し方はわかりません。 XLookupString で検索してみてください。
キー割り当ての直し方は以下の通りです。
自分のホームディレクトリに .Xmodmap という名前のファイルを作り、
keycode 51 = bracketright braceright kana_MU kana_closingbracket
と書いて保存します。( keycode 51 のところはご自分の xev 出力を見て適当に読みかえてください。言うまでもなく bracketright は [ ですが、他はそれぞれ braceright が } 、 kana_MU と kana_closingbracket は日本語用の "む" と "」" になります。シフトを押したりしたときのためのものです。かな打ちしないなら後ろの2つは書かなくてもいいです。)
次にホームディレクトリの .xinitrc というファイル(無ければ作る)に
xmodmap $HOME/.Xmodmap
と書きます。
参考
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/212startuponx.html
最後にXを再起動するか、
xmodmap ~/.Xmodmap
というコマンドを打てばいけるはずです。
参考
http://www.nucl.phys.titech.ac.jp/~kenichi/xkeymap.html