厚生年金の未払いにはなりません。
但し、注意が必要です。
厚生年金基金の機能は一般的に２つあります。
１、公的年金である厚生年金の代行給付。
２、属する会社の退職金（の一部）の代行給付。
あなたが「退職時に２０万ぐらい返ってきました」というのは、就業規則で定める退職金（の一部）であったはずです。
受け取ったのは退職金ですから、当然のことながら自己負担はありません。
在職中、厚生年金基金掛金として給与から天引きされていたのは、厚生年金保険料の一部です。
厚生年金基金は、厚生年金の給付代行をするために、その原資として厚生年金保険料の一部も受け取っています。
厚生年金に、一時金給付の制度はありませんから、受け取った２０万円が厚生年金からの支給であることはあり得ません。
従って、５年間が厚生年金の未納等空白期間になることはありません。
注意する必要があるのは、６０歳以降に受け取る厚生年金です。
基金が受け取った保険料は「企業年金連合会」に移動し、そこから、厚生年金が支払われることになります。
このため、６０歳以降、年金の請求をするとき、通常の社会保険事務所（国）以外に、「企業年金連合会」も併せて手続きしないと、本来の年金額にならないからです。
例えば、４０年間勤めて、４０年分の厚生年金を受け取ることができるとき、その４０年間の中に５年間の厚生年金基金加入期間がある場合、国が支給する厚生年金は３５年間分となり、残り５年間分は厚生年金基金（企業年金連合会）から受け取る仕組みです。
