クランクシャフトについては「コンロッド大端の軸垂直方向のガタ」がなければ
大丈夫であると思います。(No.2 さんも書かれていますが、ガタが出ると振動が増えます)
なおコンロッドが若干左右に動く程度は正常ですが、これにも使用限度はあります。
(使用限度値については車種により違うため、車種別サービスマニュアルを参照の事)
ただ今回の場合は、ピストン類交換作業に起因する問題のような印象を受けます。
参考までに交換作業時のチェックポイントを列挙してみますと、
・シリンダーとピストンの識別が合っているか。
ホンダ車の場合、2~3種類(A~C)のシリンダー&ピストンが用意されている場合が多く、
シリンダーAがついていた車両には、ピストンAを用意し組み合わせる必要があります。
(識別方法については同じホンダ車でもまちまちな為、車種別サービスマニュアルを参照の事)
・ピストンの前後方向を正しく組んでいるか。
・ピストンリングについては、トップリングとセカンドリングはそれぞれ専用品であり、
これが入れ違うことなく組まれているか。
・セカンドリングの下にはエキスパンダを忘れずに組んでいるか。(ただし車種により無い場合もあり)
・ピストンリングには裏表があり、これが正しく組まれているか。(通常は刻印がある側が表)
・シリンダー組み付けの際、センター出しを行っているか。
(単に組み付けるだけではシリンダーが偏った状態で組み付けられる場合もあるため、
仮組み後キックを繰り返しセンターを出してから本締めする。)
ざっと挙げてましたが、念の為、今一度確認されてみてはいかがでしょうか。
お礼
ご返答有難うございます。 サービスマニュアルに従いトルクレンチで組みました。 ピストン一式の識別もパーツマニュアルで確認しました。 単純にシリンダーの磨耗ですかね?