コストを掛けれるのであれば NT Server を選べば良いでしょう。
NT Server でも、UN*X(FreeBSD, Linux,...) でも、ファイル共有、プリンタ共有は、比較的簡単に可能です。それらの設定方法を解説した書籍も、豊富に出回っています。
インターネットサーバーを立てる場合には、UN*X の方が NT Server よりも向いているといえますが、NT Server でも同様のものが構築できます。
いずれにせよ、正しいネットワークの知識と、設定の情報が必要です。
サーバーに必須な UPS や RAID のサポートは NT Server の方が充実していますが、UN*X でも動作確認の取れている組み合わせを選べば問題ありません。UN*Xの場合はカーネルの再構築を伴う場合もありますので、それなりのスキルは要求されます。また、Linux の場合は、サーバー向けの設定をしたディストリビューションも存在します(Turbo Linux Server, Pro Linux など)。