どーも。cgy02110――名前の由来は、昔使ってたプロバイダーのユーザーID――と申します。
１番様がご紹介されているのは、『マガジンデータ2004』という本に載っているデータですね。この本は、社団法人 日本雑誌協会（http://www.j-magazine.or.jp/FIPP/）という団体が発行しているものです。またこの本には、2003年９月１日～2004年８月31日までの１年間に発売された、雑誌１号あたりの平均発行（平均印刷）部数が載っています。詳しくは、参考URL欄の一つ目や二つ目をどうぞ。
これによると、2004（平成16）年度における三大少年誌の発行部数は、『週刊少年サンデー』（小学館 刊）…1,160,913万部・『週刊少年マガジン』（講談社 刊）…2,721,633万部・『週刊少年ジャンプ』（集英社 刊）…2,994,897万部となっています。また昨年度、つまり2003（平成15）年度における三大少年誌の発行部数は、『週刊少年サンデー』（小学館 刊）…131.1万部・『週刊少年マガジン』（講談社 刊）…319.0万部・『週刊少年ジャンプ』（集英社 刊）…324.0万部となっていました。
というわけで、三大少年誌の売り上げは昨年度よりも悪くなってしまったようです。このなかにはもちろん、『サンデー』も含まれています。より詳しくいうと、15万部ぐらい少なくなってますね（てゆーか、『コロコロコミック』に負けてる（笑））。と同時に、『マガジン』や『ジャンプ』の発行部数も減ってしまったため、『ジャンプ』＞『マガジン』＞『サンデー』という順番は変わっていないようです。
なお質問者様がおっしゃるように、少し前までは『マガジン』＞『ジャンプ』＞『サンデー』という順番だったこともありました。たしか、『ジャンプ』の売り上げが低下してしまい、その代わりに『マガジン』が１番になったような…。詳しくは、「少年漫画という視点から見た赤松作品の変遷：ラブひな編（http://www1.kcn.ne.jp/~iz-/man/akamatsu/lovehina01.htm）」をどうぞ。そして最近の『マガジン』は、この当時の順位に戻ろうとして？、他誌から著名な作家さんを引っ張ってきつつあるようです。４月からは、久米田康治先生が『さよなら絶望先生』という新連載を始めるらしいですね。
それにしても、１週間で100万部以上を売るなんて、三大少年誌はスゴいんですね。私も『サンデー』好きなので、とりあえず応援してます。発行部数が少ないのも、気にしてないですよ（笑） ただ、１番様がおっしゃるように「仕入れ部数が少なくなって」て買いづらいようですので、売り切れには気をつけないと。「サンデー」なのに、日曜日になると売り切れが多いんですよね（笑）
