同棲自体は通常はそれほど大きな問題はないと思いますが、フィリピン法は宗教（カソリック）の影響で離婚を認めないのです。
外国（日本国）において日本人配偶者との間で有効に成立した離婚はフィリピンにおいても承認されるようになってきているようですが、それでも紙切れ一枚で離婚できる日本人には理解しにくい仕組みがあって、そこのところをきちんと処理しておかれないと、質問者様と再婚するための婚姻条件具備証明書が得られなかったり、彼女の在留資格が危うくなることもありうるでしょう。
フィリピン国の裁判所で日本での離婚について承認判決を得て、その上で婚姻条件具備証明書をもらい、それから日本で婚姻届をするのが通常の運びになるのでしょう。
そのフィリピン女性は「日本人の配偶者」ではなくなっているわけだから、子がいない場合は在留資格は大丈夫なんでしょうか。「永住者」になっていればいいんですが。あるいは質問者様との結婚を急がれる必要があるやもしれませんね。「偽装結婚」でないことを証明する資料をそろえていくことも大切になることがあります。結婚式等の記念写真（日付入り）、旅行やデート時の二人の記念写真（日付入り）とかも役立つことがあります。
web上にも色々な記事がありますから「フィリピン女 離婚」「フィリピン女 結婚」「フィリピン女 再婚」などで色々検索されるといいですね。
ではお大事に。
補足
補足です。 離婚後六ヶ月は婚姻出来ないのは知ってました。 ただ、離婚後すぐに同棲を始めると、前回の結婚が偽装結婚じゃないのかと疑われたり、フィリピンへ帰らされるのではないかと、不安です。 本人曰く、新しく住民票を取得すると、外人だから市役所のチェックがあるので、同棲してると色々不都合がある、前の旦那が調べたら、不倫してたのがバレるから、怖い。 と言ってます。