ドメインは、NICと言う組織によって管理されていて、NICは、各地区のNIC(アジアであれば、APNIC)で管理され、その下に、各国のNIC(日本であればJPNIC)が管理しており、その先は、各国のNICが契約した一般企業で管理されます。
人件費の高い日本ですので、管理手数料も高くなります。
元々は、日本もJPNICが東京大学から移る前までは、無料だったのですけどね。
ドメインの管理会社は、会社の運営費があって、そこから管理しているドメインの数で割って行けば、値段が出ます。
アメリカの様な大量に管理していれば、コストは下げられますが、そうで無い日本の様な所は、コストアップにつながります。
私自身も、いくつかドメインを持っていますが、JPは高いです。
とはいっても、昔よりは安くなってきていると思いますけどね。
補足
coなどの属性のない汎用JPドメインでも、書類が必要になりますか?