No.1の方の挙げているとおり、乗用(5ナンバー、3ナンバー)と貨物(4ナンバー)の違いです。ツインは5ナンバーの乗用車なので、4ナンバーの税金と比べてみれば高くなります。
人数の話に触れていますが、ツインは2名乗車しかできない車両として製造されているので4人乗ることは出来ませんし、2人以上乗車(ラゲッジルームなどに人が乗る)した場合は道路交通法にて罰せられます。
それと4ナンバー(貨物)で登録するには、ツインは荷台が狭すぎるのでなお無理な話になります。せめてアルト並みの広さ(ラゲッジスペース + etc.)でない限りツインを4ナンバーで登録するのは無理でしょう。
2人乗りで貨物登録できるのは、軽トラくらいしかないのではないでしょうか?バンにも乗員のところに4名と記載されているはずなので。
というわけで、貨物登録できる車両は税金が安く、乗用登録しかできない車両は税金は高くなります。
ちなみに軽乗用は¥7200-/年で、軽貨物は¥4000-/年です。車検証に「事業用」と明記されている場合は更に値引きされます。低排出者のステッカーが貼られていれば、更に13%~50%減税されます。(新車登録後2年間)
NSXは3.2リッターなので、¥58000-/年です。