ＨＩＤバーナーに付いているシェードのみでグレア光のカット及び正しい配光ができて、取り外したシェードをヘッドライトケースから取り出しが出来るのでしたらヘッドライトケース側のシェードを取り外してしまっても構いません。互いのシェード同士が干渉せず、取り付け作業及び配光に問題が無くＨｉ/Ｌｏｗ切替動作に影響が無いのでしたらヘッドライト側のシェードもそのままでも構いません。
しかし、車種によってはヘッドライトケース内のシェードのサイズがバルブ取り付け穴よりも大きく、ヘッドライトケースの分解（いわゆるカラ割り）をしないと外したシェードがヘッドライトケース内より取り出せない場合があります。
（HT81S型スイストスポーツではシェード自体はネジによる取り付けでしたが、シェードのサイズがバルブ取り付け穴よりも大きく取り出せませんでした）
また、ヘッドライト側のシェードの取り付け方法がネジ等による取り付けではなく、一度取り外すと将来純正状態に戻せなくなるようでしたらヘッドライト側のシェードは残してＨＩＤバーナー側のトップシェードを外して取り付ける事をお勧めします。
ＨＩＤコンバージョンキットのメーカー・品番の表記がありませんので正しくは分かりませんが、ＨＩＤバーナー側のトップシェードは遮光板（バーナー取り付け時に下側になる部分）を残してトップシェードのみを取り外せる物が多いです。
（ＰＩＡＡ製品ではトップシェードが遮光板に取り付けされていない状態で別途同梱されていて必要に応じて取り付けて使用します）
インターネットオークションなどで激安価格で出品されている商品でも、カシメもしくは極小のイモネジによって固定されている物が多いので取り外しは可能と思います。カシメによって取り付けられている物は、そのまま引っ張るよりも遮光板部分を少しつまんでやる事によってカシメが緩くなってトップシェードが取り外し易くなります。
お礼
ヘッドライト側のシェードの取り付け方法がネジ留めでした。 シェードのステーの部分が穴の直径より広くなったいましたが、内側につまめば抜けてきました。 シェードの直径は穴よりやや小さめでした。真直ぐに引き抜くと外すことが出来ました。 また、ヘッド側とバーナー側、互いのシェード同士が干渉せず、 取り付け作業及び配光に問題が無くＨｉ/Ｌｏｗ切替動作に影響が無い？様子です。 現在、とりあえずヘッド側及びバーナー側のシェード両方をつけています。 今後様子を見て、ヘッド側を外してみます。 バーナー側のトップシェードのみを外した方が熱対策になるようにも思いますので、 暇なとき…様子を見て…色々試してみます。 有難うございました。