どちらか?と言えばどちらも選びません。
用途からするとメモリが足りないからです。仮想PCを使用する場合、2GBでもギリギリです。安定して使用したいならせめて4GBは積みましょう。
仮想PCを使用しないならotto+HDD(やはりメモリは少ないですが、OSがWindowsで無ければなんとかなるでしょう)です。
NTTXは、1.ケースがスリムPC(冷却能力に不安)、2.1coreCPU、3.マザボがサーバ向けではない、4.電源が特殊、という点からお勧めできません。
理由:
サーバ利用において1coreCPUは余裕が少なくなります。何かをしながら何かという作業において付加がたまるのでおすすめできません。昔ならいざ知らず。現在は2coreCPUが安価に購入できるのですから1coreを選ぶ理由はありません。
メモリはECC_DDR2とちょっと特殊系です。通販で買うのが一番安くて簡単です。一般のDDR2ではないので注意してください。ただ、ECC(エラー訂正)を使えるのはサーバ構築側からすると有利な点です。一般のDDR2が使えるかはマニュアル見てください(使える場合もあります)。
HDDに関しては静音仕様(回転数が遅い物や回転数可変タイプならば少しは静かかも)なんて3.5インチでは存在しませんので気にしなくても良いかと。まあ、うるさいかは人によるのでここでは触れません。自分で工夫しましょう。2.5インチならば静音で作ることができますが...。
インターフェースに関して、x8のコネクタ(レーンはバラバラですが)が3つもあるのも大きなポイントです。ハードRAIDカードの搭載もできますので便利です。まあグラボ(挿さないと思いますが)はキリカキ付x1レーンのコネクタに挿すことになりますが。
電源容量はスペックでは300wが搭載されているそうですが、できればもう少し大きな物に交換しても良いと思います。500w前後あたり?電源もスリムタイプではないので一般のATX電源が使用できます。
ケースも、冷却効率の面から見てottoです。スリムPCはHDD4台乗せたときにさすがに心配ですし、追加冷却アイテムの利用も限られます。
以上の点から、自分なら、ottoにHDDとメモリを追加、電源を交換して使います。
ただ、仮想PCを使用しないなら、HDD1~2台設置しただけで使います(不満があればそのつど改造)。
補足
仮想サーバと書いてしまいましたが、仮想サーバ抜きで構いません。ご回答いただきありがとうございました。