＞チェックするべきポイント
たくさんあって書ききれません。項目を列挙しても内容によっては質問者さんがバイク屋さんで、それを確認できるかというと難しいと思います。
例えば
・エンジンのメカノイズ
バルブやタイミングチェーンなどの音が大きくないか等
・バッテリの劣化度合い
MFでない場合、透けて見える内部の色などで判断、MFの場合はこれまでの使用状況を判断
・タイヤやゴムパーツの劣化度合い
タイヤの製造年週をチェックやパンク修理跡のチェック、ゴムの効果具合のチェック
・スプロケの状態
スプロケの消耗度やチェーンのメンテ具合の確認
・水冷ならクーラントの劣化度やウォータージャケット内の状態
クーラントを少し採取してチェック、ウォータージャケット内で錆が発生していないかクーラント等で判断
・キャブやイジェクターの状態など
始動性やレスポンスは良いか、インシュレーターの亀裂やエアクリエレメントの状態等もチェック
・サスペンション
ダンパーの抜けやメインシャフトやインナーチューブの傷錆のチェック、フォークオイルのチェック
・ブレーキ
作動性／パッド／ホースのチェック、マスター側も同様にチェック
・フレーム
曲がりや錆や凹みをチェック、塗装跡がないかなどもチェック
・スイングアーム
曲がりやピボット部のベアリングの状態なをチェック
他にも燃料系統や電装系や車体や外装やメーター類の状態等、沢山あります
いざ、これら全てをショップで調べることができるかというと難しいです。
なぜ難しいかというと、それぞれの内容を判断するのは相応の経験が必要です。また、チェック自体を理由をつけて拒んだり嫌がるショップも多いからです（拒んだり嫌がるショップは、元々駄目なショップなのでどうでもよいのですが）。
＞走行距離はどのくらいなら
走行距離はこれまでの使用頻度の目安であって中古車の状態を決める尺度にはなりません。メーターを戻すとか、そういうことではありません。日常使用で都会の渋滞路ばかり1万km走ったバイクと、ツーリングメインで渋滞と無縁な地方の道路や高速道ばかり4万km走ったバイクでは、後者の方が状態が良かったりするからです。ゆえに走行距離でバイクの状態を判断することはできません。
ということで、失敗をしないように中古車を買うにあたって、中古車の目利きに自信がないのであれば「店を選ぶこと」でしょうね。
地元のバイク乗りからの信頼の厚いお店を探す事が重要かと思います。
それが難しいのであれば古くからあるホンダ、ヤマハなどの特約店、レッドバロンのような大手が無難でしょうね。
