不思議ですね。
>本人としては、ロ短調だと ～ 実はニ長調で ～
ご自身で考えたコード進行ですね。「実は」などという言葉がどこから来るのでしょうか。自分で考えているようで実は自分で考えていないような妙な印象を受けます。ロ短調かニ長調（の一部）か決めるのは自分自身です。
>ここをしっかりわかっていないため、何を代理コードとして使っていいのかわからず
これが分からなくても代理コードは使えるし、仮にこれが分かったとしても代理コードは使えないでしょう。本来のものが一般的・安全パイであるなら代理はちょっと違う効果を狙うものです。本来と代理でどう違って聞こえるのか、それが決め手です。
> Bm－Bm7－G9－F#m－A
これについて気づいたことをいくつか。
まず G9 はこれで正解ですか。G9 = ソ・シ・レ・ファ・ラ（ファはナチュラル）なのでF音（ファ）がかなり個性的に響きます。F音が入るとブルージーな響きになるか、ロ短調では G7(G9) - F#7 の形でコード内部の「ファ・ファ＃」（9を使った場合は「ラ・ラ＃」も）という半音の動きを生かす形になります。このときはブルージーとはちょっと違う響きです。
＃１の方も指摘していますが、F#m - A には違和感があります。
一般に、代理コードから本来へ進むのはよくないとされます。ハ長調では Dm - F（ii - IV）,Em - G(7)（iii - V(7)）, Am - C（vi - I）, Em - C（iii - I） などです。さらにこれから発展して同じように見える進行も同様に扱います。
F#m - A はニ長調では iii - V 、イ長調では vi - I 、ホ長調では ii - IV となります。
補足
回答ありがとうございます。 もう少し確認したところ、 Bm Imと見なした場合の方が正しいですね。 Im - Im7 - VI7 - V7 (Bm - Bm7 - GM7 - F#7) VI7はIの代理コード扱い？ううーん。 でもVIはVImではなかっただろうか、、あれそれは長調の時だけでしたか・・・ わかりきれていません。。。 すいません、よろしければお願いします。 はい、楽しんでみます。