制度上の違いは殆どありません。
細かいところでは、JPのみ時間帯指定が他社と異なります。
ヤマト・佐川は
午前中/12-14時/14-16時/16-18時/18-20時/20-21時
と6つの時間帯指定ができます。
一方、JPは
午前中/12-14時/14-17時/17-19時/19-21時
と5つになっています。
以下は私が住んでいる京都での、3社に対する主観での比較になります。
比較的ヤマトは営業所の密度が高く感じます。そのためか、時間指定を破られたことは一度もありません。また、配達員の対応もかなり印象が良いです。
佐川は、営業所が京都市内に2つしかないためか、私の住んでいる地域では夜10時過ぎに平気で配達します。以前に住んでいた京都市南部ではもう少し早かったのですが、現在よりも営業所から近かったためと思われます。配達員の対応は良好です。
JPはあまり使いませんが、代引きの荷物が届いた際、領収書に判を押したり収入印紙を貼ったりするのに玄関先で3、4分の時間をとりました。ヤマトでも佐川でも領収書をそのままもらうだけで代引きでも受け取りに1分もかからないので、少し驚きました。どうやら他2社は一括で納付しているようです。各配達先でこんなに時間をとるのはかなり非効率だと感じます。また、配達員の対応もいまいちです。やはりまだまだ民間との差は大きいのでしょうか。
以上から
1位 ヤマト運輸
2位 佐川急便
3位 JP日本郵便
としました。
ランク外として、西濃運輸の配達員とコールセンターの対応は最悪でした。
肝心の、なぜ値段が違うのか?という質問への回答です。
それは1つの荷物に対してかけている人件費やその他の経費が違うからでしょう。人員や営業所を増やす程、その地域の顧客の利便性は高まりますし、時間帯指定も守りやすくなると思います。ただ、その分の価格は上がるということでしょう。
価格も重要ですが、大事な荷物は〇〇社で、大量の荷物は××社で、などの使い分けも重要です。これは地域差や各配達員の質もあると思うので最終的にはご自分の経験を基に決めるべきだと思います。