温まってからのアイドリングにおいて、不安定に感じるということでしょうか。
もともとＶ２エンジンは点火タイミングが不等間隔なので、アイドリングでは不安定に感じることもよくあることではあります。
しかし、以前と比べて不安定ということであれば、何らかの異常が起こっている可能性があります。
以前と比べて不安定とのことですが、「マフラー交換後も安定していたが、最近になって不安定」と解釈してお話します。
（マフラー変えたらノーマルに比べて不安定になった、ということでしたら、
マフラーによっては、マフラーに合わせて吸気系も調整しないと不安定になる場合もある、ということをお伝えします）
・後ろ気筒の点火系に問題があるのかもしれません。
プラグ、プラグコード、コイルに異常はないでしょうか。
プラグに関しては、前と後ろ（熱価など一緒ですよね？）を入れ替えて試してみて現象が変わらないなら対象から外せます。
ＤＳのプラグコードがどんな形式なのか存じ上げないのですが、プラグ側だけでなく本体側も入れ替え可能ならこれも試すことができます。
・エアクリーナーが汚れていませんか
エアクリーナーが汚れていると、空気の吸い込み量が不足して、正しい混合比にならず、不安定になることがあります。
それなら前後とも不安定になりそうなものですが、不等間隔爆発のエンジンですと吸気タイミングが異なるため、吸気の脈動に影響を受けて特定の気筒に顕著に現象が現れる場合があります。
・キャブレターのアイドリング調整や整備状態はどうでしょうか。
キャブレターでの気化がうまくいっていないとか。
ＤＳ４００はおそらく１つのキャブレターを前後で共有するタイプで、やはりここが悪いなら前後とも調子悪くなりそうですが、エアクリーナーと同じ理由で特定の気筒に顕著に現象が現れる場合があります。
ＦＩ仕様でしたらこれは関係ありません、すいません。
お礼
t4tさん、ご回答ありがとうございます。 >>温まってからのアイドリングにおいて、不安定に感じるということでしょうか。 アイドリングにおいて、不安定ということです。 >>以前と比べて不安定とのことですが、「マフラー交換後も安定していたが、最近になって不安定」と解釈してお話します。 その通りです。 以前からマフラーを交換しており、以前に比べて最近、不安定になってしまいました。 t4tさんのアドバイスを元に、消去法で原因を探していきたいと思います。 ご丁寧に、色々と教えていただき、本当に有難うございました！！