ANo.5で回答差上げた者です。僭越ながら続きを・・・
ＲＪ誌面で取り上げられたとの由、私は実際読んでおりませんが、なぜ取り上げられたのでしょうか？おそらくは、恒常的に指定席のとり難さを取り上げたかったからではないかと考えます。
しかし、だからといって「１個列車と認めよ！」というのは飛躍と思いましたので、先のご回答をいたしました。
以下、ちょっと寄り道話で申し訳ありません。
私は仙台在住なので必然的に東北新幹線を利用する機会が多いです。ご存知の方も多いと思いますが、最終のはやて・こまちは指定の取りにくい列車です。はやてなら、やまびこに乗車する選択肢もありますが、大曲・秋田方面へ向かう方はこまちに乗るしか一般的な選択肢はありません。（規則を知っていれば、盛岡までは少なくとも座れるかもしれませんが、世の中大半の方は規則を知りません。また割引きっぷでこまちしか利用できない場合、選択の余地はありません。）
あるとき池袋で友人の結婚式に出た帰り、大宮経由で仙台に帰宅するときに私が都内～大宮の窓口をハシゴして粘って取った指定席はこまちの16号車でした。最終のこまちですから当然ながら秋田方面へ帰る方が多数乗られていて、中には指定が取れず立席のかたも多くおられました。私は仙台までの客、申し訳ないという思いでいっぱいでしたが、はやては満席、かつ大宮駅で最後までねばって取った席。次の停車駅はもう仙台。あなたならどうします？席を譲りますか？というか、「席を譲れますか？」。仮に席を譲れば、「仙台だったら別の列車に乗れ！」と叱責を浴びるかもしれません。
結果として小心者の私は席を譲れませんでしたが、幸い隣の席が空席状態となっていたため、秋田へ帰るという立席の方がお座りになりました。
新幹線と在来線特急では急行券の取扱い方、効力こそ違いますが、「先着優先」のマルスシステムに差はありません。大阪～富山を通しの指定が取れなければ、とりあえず金沢までの指定（金沢～富山は自由ｏｒ立席）を押さえておいて、出発直前ギリギリまでの間に、大阪～富山通しの空席が出ていないか粘るというのが、制度上理にかなった方法ではないでしょうか。
それができないのであれば、制度が悪い云々を言うのではなく、やはり「相応の対価」を支払って権利を確保すべきでしょう。
お礼
皆様ご回答ありがとうございます。 質問のケースの場合だと原則的に２列車分の料金を請求されるから、金沢から富山までは自由席にするか、富山までの指定席のキャンセルが出るのを待つかが良いという事ですね。