期限が延びないのは当然です。これは「ややこしくなるから」などではありません。
免許証を紛失したというのはあくまで“免許を受けていることを証明する書類をなくした”だけであり、免許そのものが失効したわけではありません。免許証というのは、免許があるこをと示すただの書類なんです。免許そのものとは違うのです。ですから、免許証を紛失して運転しても免許証不携帯にはなっても無免許運転にはなりません。
さて、免許証がただの証明書であることから、免許証の再発行は免許の内容を変更するものではありません。免許の内容の変更は免許の内容を変更する手続を要するのです(更新は従前の免許の有効期限を延長する変更手続と考えればいいです)が、免許証という証明書を再発行したところでそれは免許の内容を変更するものではありません。
免許そのものは取得あるいは更新した時から次の更新期限までが有効期限であり、これは免許の有効期限であって免許“証”の有効期限ではありません。免許証はただの証明書でありそれ自体に有効期限などありません。免許証記載の有効期限は、免許“証”の有効期限ではなく免許の有効期限なのです。そして、免許証を再発行してもそれは“免許の更新ではない”のですから免許の内容自体は有効期限を含めて一切変更になっていないのです。よって、紛失した免許証と同じ内容になるのは、理の当然のことなのです。