排出権の購入が義務化されているのは、キャップ(排出枠)が設けられている部門のみです。排出権とは別名キャップアンドトレードシステムとも言われ、京都メカニズムやEU-ETSで排出枠を設けられている企業や組織の中で売買するものなので、一般人には現在のところあまり関係ありません。
また二酸化炭素の排出量というのは化石燃料(石油、石炭、天然ガス等)から排出されるものにカウントされます。
木炭の場合は原料となる木の生産過程で二酸化炭素を吸収しているため、
燃焼させて二酸化炭素を発生させても吸収分と相殺されると考えられているので排出量とはカウントされません。
(カーボンニュートラルといい、昨今自動車に利用されるバイオ燃料も上記の理屈で採用されています。)
そのため例え今後一般人に排出枠を設けられたとしても、薪ストーブを利用する範囲においては排出権の購入は必要ないと思いますよ。