Windowsのエラー「利用できない場所を参照しています」の原因は何ですか？

質問

先日、2台のHDD中の片方、Cドライブにフォーマットをかけて、WinXP(SP2)の再セットアップを行いました。すると、もう片方のHDDに置いてあったフォルダのうち2つが消え、代わりに「000」「001」というフォルダが出来ていました。
そのフォルダを開こうとすると、「D:\000は利用できない場所を参照しています。このコンピュータのハードドライブ上、またはネットワーク上を参照している可能性があります。．．．」とエラーが表示され、フォルダが開けない状態です。
その後日、デスクトップのアイコンが消え、エクスプローラでデスクトップを開こうとすると、おなじく「利用できない場所を．．．」とエラーがでました。ただし、今はこの現象は無くなりました。
これはウィルスによるものでしょうか。または、他にも原因が考えられますでしょうか。

回答No.1

violet430

参考に
http://bitcomet.kirishimaya.com/read.cgi?mode=view&no=63
http://support.microsoft.com/kb/323681/ja

お礼

上記一番目のサイトは以前参照しました。どうもいまいち有効な回答がないようです。
二番目の、「デスクトップ」とう名前のフォルダをデスクトップに作成すると出るエラーは、なかなか面白いですね。参考になりました。もう少し考えてみます。

ところで、WinXPを再インストールした後、別のパーティションにLinuxのUbuntuをインストールしたことを記し忘れました。すみません。

気になって、Ubuntuから問題のフォルダを開いてみたところ、ちゃんと内容が参照でき、消えたフォルダと同一のファイルが入っていました。

では、Ubuntuが問題を引き起こしたのでしょうか．．．

詳しい方、どうぞよろしくお願いします。