こんにちは、
まず、飛行機を利用するツアーなら、ANAやJAS”JASナイスウイング”、JALなどが主催するツアーが安いです。これらは各エアラインのホームページから旅行サイトに入れます。
同じく、JRを利用するならやはり、JR系(関東ならJR東日本のえきねっとから入れる旅行サイト”びゅう”)で激安ツアーが出ています。
なぜか、というとこれらの共通点は足、つまり移動機関が自前なのでかなりのディスカウント可能となり、結果、安いツアーを作れるというわけです。
特に、週末や休日がからむときは特におすすめです。値段もそうですが、座席が押さえられる確率も比較的高目。
ただ、これらは主に観光最小限のツアーが半分くらい占めるので、もし、あれこれ観光がついているほうがよいなら、ほかの方がおっしゃるような代理店系のツアーを利用するのもよいかもしれません。
私は比較的自由旅行型なので、前者をよく利用しています。
これらの商品は代理店で扱っているものもありますが、直接申し込んだほうが回答が早い場合があります。